Aunque las GUIs de Windows y GNU/Linux tienen una apariencia y comportamiento muy similares, trabajan manera diferente a nivel técnico. Sin embargo, no nos centraremos en ninguna, sino que hablaremos de las generalidades que comparten.

La diferencia más notable entre los dos es que en Windows (desde XP), la GUI forma parte indisoluble del sistema; en GNU/Linux la cosa no es así. Cuando Windows se inicia, la GUI se carga y hay que usarla. En GNU/Linux, aunque también ocurre, tenemos la posibilidad de deshabilitarla.

Esto es por la manera en la que funciona la GUI de GNU/Linux, dividida en dos partes: el sistema de ventanas y el gestor de ventanas. Cuando GNU/Linux termina de cargarse, si está configurado para usar una GUI pone en marcha el sistema de ventanas X window.

Este sistema X window sólo especifica las normas y convenciones que deben seguir los programas para mostrar los elementos gráficos, pero no dice como han de comportarse o como han de reaccionar ante el manejo del usuario. Quienes dicen esto último son los gestores de ventanas.

Una vez que X window se ha cargado y está funcionando, se carga el gestor de ventanas, que es el programa que dice como se ha de ver la GUI y como se comporta e interactua con el usuario. Casi todas las distribuciones vienen con más de un gestor, con lo que podemos elegir cual usar.

Las distribuciones más populares vienen normalmente con los dos gestores más usados: KDE y GNOME. Cada uno tiene sus virtudes y defectos. Elegir entre los dos es cuestión del gusto del usuario, aunque ambos son bastante versátiles y personalizables.