Los sistemas de archivos más usados son los siguientes:

• FAT: significa en español “Tabla de colocación de archivos” (File Allocation Table). Es el sistema nativo de MS-DOS y Windows. GNU/Linux puede también leerlo y escribirlo, aunque no lo utilice como nativo. Es utilizado por los disquetes, las memorias USB y otros dispositivos de almacenamiento.
• NTFS: significa en español “Sistema de archivos de nueva tecnología” (NewTechnology File System). Es el nativo de Windows desde las versiones 2000 y XP. Es mejor que FAT porque usa una tecnología para evitar perdidas de datos llamada journaling. Sin embargo, podemos poner Windows 2000 o XP formateando el disco con FAT.
• EXT2 y EXT3: Extended2 y Extended3 son los sistemas nativos de GNU/Linux. El último también usa journaling y es el más usado últimamente. Windows no puede leer ninguno de los dos sin ayuda de programas o añadidos especiales de terceros.
• ISO9660: es el sistema de los CDs. Tanto Windows como GNU/Linux lo pueden leer y escribir.
• UDF: es el sistema de los DVDs y de algunos CDs. Windows y GNU/Linux también lo leen y escriben.