La mayoría de los usuarios de computadoras usa Windows y cuando entran a GNU/Linux pueden sentirse un poco desconcertados ante el sistema de archivos que utiliza. Sin embargo, no es tan complicado una vez que se entienden algunos conceptos, como que en GNU/Linux a las carpetas siempre se les llama "directorios".

Viniendo de Windows, lo primero que nos sorprende en Linux es que cuando queremos acceder al sistema de archivos, no tenemos “unidades”, sino que sólo accedemos a un directorio principal lleno de carpetas. ¿Y dónde están entonces la disquetera, la unidad de CD, otros discos duros? Pues ahí, dentro de uno de los directorios del directorio raíz.

Para empezar, GNU/Linux considera a cada dispositivo de almacenamiento como un archivo. De hecho, considera a todo dispositivo de la computadora como tal. Aunque no son archivos normales y corrientes, eso sí.

Esto facilita la labor de los programadores, cosa muy importante en GNU/Linux dado que está desarrollado de manera colaborativa.

Para poder acceder a un dispositivo de almacenamiento, primero hay que montarlo. “Montar” significa preparar un dispositivo para poder acceder a él. Muchas distribuciones incluyen programas para realizar esa tarea de manera automática. Si no, siempre se podrá hacer de manera manual.

Cuando los dispositivos han sido montados se encuentran dentro de un directorio del directorio raíz. Suele ser el directorio “mnt” o el directorio “media”, dependiendo de la distribución. Al entrar en ellos, veremos al CD y a la disquetera como directorios y podremos acceder a su contenido.

Sin embargo, no es necesario que estemos yendo por tantas carpetas para ver el contenido de los dispositivos. Cuando el dispositivo se monta, la mayoría de las distribuciones colocan un acceso directo en el escritorio para poder acceder a él más rápidamente.

Como Windows, GNU/Linux crea unos directorios en el disco duro. En este caso son algunos más y tienen nombres que al principio nos pueden sonar extraños, como “bin” o “etc”. Todas las distribuciones tienen una serie de directorios básicos, y luego cada una añade los suyos propios. Esto tiene sus ventajas, pues siempre sabrás donde se encuentran ciertas cosas, sin importar la distribución o la versión que utilices.

Usar el sistema de archivos de GNU/Linux (y todo el sistema operativo) puede ser muy atemorizante al principio si estamos acostumbrados a Windows. Podemos tener mucho más control sobre el sistema y la posibilidad de cometer errores parece mayor. Pero precisamente por eso es que es más difícil que se dañe el sistema.

GNU/Linux ha sido pensado desde un principio como un sistema operativo multiusuario. Una de las primeras cosas que hace es crear “cuentas de usuario”: maneras de acceder al sistema en las que se tienen permisos para unas cosas y para otras no.

Hay dos maneras de entrar a Linux: como “root” o como un usuario cualquiera. Incluso hay distribuciones en las que no se da esa opción y se entra siempre como usuario. Al entrar como “root” se puede hacer cualquier cosa en la computadora. Al entrar como usuario, no. Esto hace que sea más difícil cometer un error por descuido.

En cuanto a los nombres de archivos y carpetas, podemos utilizar hasta 256 caracteres, incluido el espacio (recuerda que el espacio cuenta como un carácter). El único signo que no podemos utilizar es la barra “/”. Pero la gran diferencia con Windows es que GNU/Linux sí distingue entre mayúsculas y minúsculas, lo que es algo a tener muy en cuenta.

El cuadro "Guardar como" contiene los mismos elementos que el de abrir y, según el programa y el sistema, suelen aparecer algunas cosas más.

Hay que tener en cuenta que este cuadro no aparece siempre que guardamos un archivo, sino sólo cuando el archivo que vamos a guardar aún no tiene nombre (lo acabamos de crear) o se lo vamos a cambiar, como veremos con más detalle luego.

Desde los cuadros de diálogo "Abrir" y "Guardar" se pueden realizar algunas acciones de gestión de archivos muy básicas con una serie de botones. Además, ayudan a la navegación por el sistema.

Los que señalaremos a continuación son más comunes en Windows y en KDE

Un icono que contiene una flecha que señala hacia arriba sirve para ir a la carpeta inmediatamente superior a aquella donde nos encontramos.

Un icono con una carpeta y un destello o un signo más nos permite crear una carpeta nueva dentro de la carpeta donde nos encontramos.

En ocasiones, existe un botón (o botones) que nos permite ver de manera diferente la carpeta en la que nos encontramos, mostrando su contenido de otra forma, apareciendo más detalles de los archivos o incluso miniaturas de su contenido.

También suelen haber botones con forma de flechas que sirven para navegar por las carpetas que ya hemos visitado.